La ville de Phaïstos dominait la plaine de Messara, communément appelé le "grenier de la Crète". Cette situation apporte au site une vue splendide et, bien sûr, un intêret stratégique. Le site a été occupé dès le néolithique. Il fut construit sur ce site deux palais furent successivement édifiés puis détruits. Le second palais détruit vers -1450 ne fut jamais totalement reconstruit. Le Palais de Phaistos est le second site minoen de l'île de Crète de par sa taille. Les relations entre Cnossos et Phaistos sont mal connus même s'il semble imaginable que Knossos exercait une hégémonie sur les autres palais crétois moins importants.